Kanclerz Wyższej Szkoły Straży Granicznej odpowiada za gospodarkę Uczelni, określanie zasad dotyczących zarządzania majątkiem, właściwe jego wykorzystanie, powiększanie i rozwój, a także za organizowanie działalności administracyjnej, gospodarczej, usługowej i technicznej Uczelni. Rozkazem personalnym Rektora - Komendanta Wyższej Szkoły Straży Granicznej od dnia 24 stycznia 2025 r. pełnienie obowiązków służbowych na stanowisku Kanclerza Wyższej Szkoły Straży Granicznej zostało powierzone płk. SG Maciejowi Pawłowskiemu.