Kanclerz Wyższej Szkoły Straży Granicznej odpowiada za gospodarkę Uczelni, określanie zasad dotyczących zarządzania majątkiem, właściwe jego wykorzystanie, powiększanie i rozwój, a także za organizowanie działalności administracyjnej, gospodarczej, usługowej i technicznej Uczelni. Rozkazem personalnym Rektora - Komendanta Wyższej Szkoły Straży Granicznej z dniem 25 lipca 2025 r. na stanowisko Kanclerza Wyższej Szkoły Straży Granicznej został mianowany płk SG Maciej Pawłowski. Ww. pełnił obowiązki Kancelrza Wyższej Szkoły Straży Granicznej od dnia 25 stycznia 2025 r.